Die Prüfung erfolgt zusammengefasst in drei Schritten:
- FFH-Vorprüfung
- FFH-Verträglichkeitsprüfung
- Ausnahmeprüfung
Zunächst erfolgt eine FFH-Vorprüfung, in der geprüft wird, ob ein Projekt oder Plan mit Beeinträchtigungen für die Erhaltungsziele eines Natura 2000-Gebietes verbunden sein kann.
Diese Prüfung hat einen Prognosecharakter. Können Beeinträchtigungen nicht ausgeschlossen werden, ist die eigentliche FFH-Verträglichkeitsprüfung durchzuführen. In dieser werden die Auswirkungen auf die Erhaltungsziele des Schutzgebietes genau ermittelt und beschrieben. Zunächst wird eine Bestandserfassung durchgeführt, in deren Rahmen der Managementplan und vorhandene Daten ausgewertet werden und ggf. Kartierungen durchgeführt werden. Im Anschluss erfolgt die Konfliktanalyse, bei der Erhaltungs- und Entwicklungsziele des FFH-Gebiets betrachtet werden. In der abschließenden Auswirkungsprognose wird unter Berücksichtigung sogenannter Schutzmaßnahmen (Vermeidungsmaßnahmen) untersucht, ob erhebliche nachteilige Auswirkungen auf das Schutzgebiet und dessen Ziele bestehen.
In der Ausnahmeprüfung wird eine gewichtete Abwägung vorgenommen, ob ein Projekt oder Plan mit erheblichen Beeinträchtigungen dennoch durchgeführt werden darf.